Случилось так, что в исходнике программы залитой в контроллер содержалась одна неприятная строка которая выключала JTAG/SWD интерфейс:
GPIO_PinRemapConfig(GPIO_Remap_SWJ_Disable, ENABLE);Соответственно, ST-Link не мог связаться с контроллером.
Вернуть все в исходный вид просто: отпаиваем перемычку SB16 с обратной стороны платы и стираем кристал при помощи ST-LINK Utility.